然而，修建水下博物馆注定要遭遇一系列障碍，首先需要解决的就是资金问题，整座工程大约耗资1.4亿美元(9800万英镑)。但到目前为止，这一问题仍没有得到解决。埃及政府希望私人企业和组织能够为修建博物馆“买单”，但据建筑团队一名成员透露，“没有一个人清楚将从何处获得资金”。即使资金问题顺利得到解决，博物馆建造者仍要面临对令人畏惧的技术挑战，包括如何战胜这一海湾声名狼藉的昏暗水域以提高隧道内的可见度，以及如何确保博物馆的坚固性，以经受住水流考验。

　　而更令人担忧的是，这项工程遭到当地怀疑论者的抨击，在他们看来，水下博物馆不过就是一个“公共的主题公园”，并且在很大程度上怀疑建造的合理性。阿什拉夫·萨布里(Ashraf Sabri)博士在当地经营一家致力于海洋遗址勘探的潜水中心，他表示：“作为一个想法，它无疑是完美的。但你必须到现场进行科学考察以确定其可行性。虽然时间一天天过去，但这项工作仍没有完成。”