在国际合作与海外拓展方面，万方数据于2003年成立海外市场销售中心，开发英文主站(另外还有北美站点、加拿大代理站点等)开始大规模挺进海外市场，并作为中国唯一参展的信息服务企业参加了在英国举办的“第27届世界信息大会”，其后各种国际行业会议、会展邀约不断。

　　在知识产权保护方面，公司已经申请了《万方数据资源镜像服务系统V3.1》等20余个计算机软件著作权登记证书，《IMS-Web系统》等6个新产品(含两个国家重点新产品)证书和《万方数据中华医学会数字化期刊系统V1.0》等20余个软件产品登记证书。

　　在政府项目方面，万方数据先后承接了国家工程院网站建设项目、外经贸部公开招标项目、“国家科技基础条件资源调查及数据库建设”项目、科技部“国家科技基础条件平台建设实施方案研究”项目、国家科技攻关计划“新时期科技成果管理改革及信息系统建设研究”项目和公益项目——全国科技信息服务网信息资源项目等数十个国家级、部级科技项目。

　　在技术创新方面，万方数据率先推出资源镜像系统，将我国信息服务技术由磁盘/光盘复制带入了镜像链接服务的新时代。2006年，万方数据将DOI(Digital Object Identifier，数字对象唯一标识符，它是信息资源永久标识、动态定位的重要标准)引入中国，并于2007年成为DOI的唯一中文代理注册机构。截至2009年6月底，中文DOI注册数量已超过112万，在国际DOI基金会(IDF)全球8家注册机构中位列第二。在7月初新闻出版总署主办的中国第三届数字出版博览会上“中文DOI系统”获得创新技术奖。

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