近日，关于方舟子和崔永元的口水战是越演越烈，不断升级。1月14日，方舟子再次在微博中质疑崔永元的公益基金不明，他称：“中国红十字基金会的宗旨是开展人道主义救助活动，是慈善事业，为何能让一个以研究‘口述历史’为主要项目的基金挂靠在其名下？难道研究‘口述历史’也是慈善、救助工作？”更是质疑基金款项出入。

　　1月4日14点08分，方舟子通过微博质疑崔永元公益基金不明，发表发长微博调侃他“如此搞公益”。他表示，中国红十字基金会是做慈善的，为什么把第一笔捐赠来的高达4382000元的款项，以《口述历史》为主要项目的崔永元基金会能挂靠在它下面？在2010年玉树地震后，天水市红十字会仅获救灾捐款62万元，不到其捐赠崔永元基金的15%。

　　方舟子除了质疑“口述历史”，崔永元基金做的另一个项目“乡村教师培训”，也遭到质疑。每年请100名乡村教师到北京旅游的前四期都没有工作报告，而2012年的机票报告未列机票单价费用，只列了返程机票总费用109900元。他认为团体购票会打折，而此次票价却是全额。然后是服装问题和体检问题，都有虚报，有涉嫌贪污的嫌疑。

　　方舟子还认为，崔永元有自己的摄影团队，居然会出现摄像机租赁费7377元，活动视频剪辑费4000元的报告。更是有计价13万元的床上用品，审计时这些捐赠的物资都不知去了哪里？另外，根据审计报告，2007到2012年崔永元公益基金累计支出20,319,559.99元，其中资助资金18,211,213.46元，资助物资0.00元，业务活动费用158,797.00元，项目管理成本高达1,949,549.53元。更透露崔永元所成立的公司均为自己人，哥哥是监事。